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Usando gdal-java de OSGeo4W

Usando gdal-java de OSGeo4W


Eu gostaria de usar gdal_polygonize e gdalinfo em java. Este site diz: "Observe que OSGeo4W inclui um pacote gdal-java e um tempo de execução Java, tornando bastante fácil construir aplicativos Java locais usando GDAL." Mas como?


Você pode ver o código-fonte para uma implementação gdalinfo java aqui - https://svn.osgeo.org/gdal/trunk/gdal/swig/java/apps/gdalinfo.java

A função polygonize deve estar disponível nas ligações java, você pode olhar a fonte de gdal_polygonize.py para ver como ela é usada - http://svn.osgeo.org/gdal/trunk/gdal/swig/python/scripts/gdal_polygonize .py


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Estou tentando georreferenciar uma imagem usando gdal_translate em um prompt de comando. Atualmente eu tenho o seguinte

Onde o local de configuração é o local dos arquivos de dados gdal.

O problema que estou tendo é quando abro a imagem, ela perdeu sua proporção. Acredito que tenha algo a ver com a projeção, mas não tenho certeza.

gdalinfo.exe fornece as seguintes informações.

As coordenadas de canto para u_llr devem estar no sistema de coordenadas usado pela imagem, não longitude / latitudes.

O projeto aleatório GeoReferenced.tif é a entrada ou saída do que você está tentando fazer? Suponho que a saída, nesse caso, você deve olhar para a parte Coordenadas de canto e observar a diferença entre a primeira parte e a segunda parte de cada canto.

@mdsumner A imagem foi tirada do google maps. Eu tenho as coordenadas TL e BR do google maps e gostaria de usar isso para obter um sistema de coordenadas aproximado na imagem para alinhá-la a uma área. Se eu fiz isso da maneira errada, existe uma opção melhor?

@BradHards Eu olhei para as coordenadas de canto como você sugeriu, mas não tenho certeza do que devo procurar.

Como apontado pelo mdsumner, você misturou as coordenadas projetadas (o primeiro par de números em Coordenadas de canto) e longitude / latitude (o segundo par de números em Coordenadas de canto). Certamente 0d 0 '2,49 "W, 0d 0' 1,26" N não é o canto superior esquerdo que você queria.

Estou tentando georreferenciar uma imagem usando gdal_translate em um prompt de comando. Atualmente eu tenho o seguinte

Onde o local de configuração é o local dos arquivos de dados gdal.

O problema que estou tendo é quando abro a imagem, ela perdeu sua proporção. Acredito que tenha algo a ver com a projeção, mas não tenho certeza.

gdalinfo.exe fornece as seguintes informações.

As coordenadas de canto para u_llr devem estar no sistema de coordenadas usado pela imagem, não longitude / latitudes.

O projeto aleatório GeoReferenced.tif é a entrada ou saída do que você está tentando fazer? Suponho que a saída, nesse caso, você deve olhar para a parte de Coordenadas de canto e observar a diferença entre a primeira parte e a segunda parte de cada canto.

@mdsumner A imagem foi tirada do google maps. Eu tenho as coordenadas TL e BR do google maps e gostaria de usar isso para obter um sistema de coordenadas aproximado na imagem para alinhá-la a uma área. Se eu fiz isso da maneira errada, existe uma opção melhor?

@BradHards Eu olhei para as coordenadas de canto como você sugeriu, mas não tenho certeza do que devo procurar.

Como apontado pelo mdsumner, você misturou as coordenadas projetadas (o primeiro par de números em Coordenadas de canto) e longitude / latitude (o segundo par de números em Coordenadas de canto). Certamente 0d 0 '2,49 "W, 0d 0' 1,26" N não é o canto superior esquerdo que você queria.

Estou tentando georreferenciar uma imagem usando gdal_translate em um prompt de comando. Atualmente eu tenho o seguinte

Onde o local de configuração é o local dos arquivos de dados gdal.

O problema que estou tendo é quando abro a imagem, ela perdeu sua proporção. Acredito que tenha algo a ver com a projeção, mas não tenho certeza.

gdalinfo.exe fornece as seguintes informações.

Estou tentando georreferenciar uma imagem usando gdal_translate em um prompt de comando. Atualmente eu tenho o seguinte

Onde o local de configuração é o local dos arquivos de dados gdal.

O problema que estou tendo é quando abro a imagem, ela perdeu sua proporção. Acredito que tenha algo a ver com a projeção, mas não tenho certeza.

gdalinfo.exe fornece as seguintes informações.

As coordenadas de canto para u_llr devem estar no sistema de coordenadas usado pela imagem, não longitude / latitudes.

O projeto aleatório GeoReferenced.tif é a entrada ou saída do que você está tentando fazer? Suponho que a saída, nesse caso, você deve olhar para a parte de Coordenadas de canto e observar a diferença entre a primeira parte e a segunda parte de cada canto.

@mdsumner A imagem foi tirada do google maps. Eu tenho as coordenadas TL e BR do google maps e gostaria de usar isso para obter um sistema de coordenadas aproximado na imagem para alinhá-la a uma área. Se eu fiz isso da maneira errada, existe uma opção melhor?

@BradHards Eu olhei para as coordenadas dos cantos como você sugeriu, mas não tenho certeza do que devo procurar.

Como apontado pelo mdsumner, você misturou as coordenadas projetadas (o primeiro par de números em Coordenadas de canto) e longitude / latitude (o segundo par de números em Coordenadas de canto). Certamente 0d 0 '2,49 "W, 0d 0' 1,26" N não é o canto superior esquerdo que você queria.

As coordenadas de canto para u_llr devem estar no sistema de coordenadas usado pela imagem, não longitude / latitudes.

O projeto aleatório GeoReferenced.tif é a entrada ou saída do que você está tentando fazer? Suponho que a saída, nesse caso, você deve olhar para a parte Coordenadas de canto e observar a diferença entre a primeira parte e a segunda parte de cada canto.

@mdsumner A imagem foi tirada do google maps. Eu tenho as coordenadas TL e BR do google maps e gostaria de usar isso para obter um sistema de coordenadas aproximado na imagem para alinhá-la a uma área. Se eu fiz isso da maneira errada, existe uma opção melhor?

@BradHards Eu olhei para as coordenadas de canto como você sugeriu, mas não tenho certeza do que devo procurar.

Como apontado pelo mdsumner, você misturou as coordenadas projetadas (o primeiro par de números em Coordenadas de canto) e longitude / latitude (o segundo par de números em Coordenadas de canto). Certamente 0d 0 '2,49 "W, 0d 0' 1,26" N não é o canto superior esquerdo que você queria.

As coordenadas de canto para u_llr devem estar no sistema de coordenadas usado pela imagem, não longitude / latitudes.

As coordenadas de canto para u_llr devem estar no sistema de coordenadas usado pela imagem, não longitude / latitudes.

O projeto aleatório GeoReferenced.tif é a entrada ou saída do que você está tentando fazer? Suponho que a saída, nesse caso, você deve olhar para a parte Coordenadas de canto e observar a diferença entre a primeira parte e a segunda parte de cada canto.

O projeto aleatório GeoReferenced.tif é a entrada ou saída do que você está tentando fazer? Suponho que a saída, nesse caso, você deve olhar para a parte Coordenadas de canto e observar a diferença entre a primeira parte e a segunda parte de cada canto.

@mdsumner A imagem foi tirada do google maps. Eu tenho as coordenadas TL e BR do google maps e gostaria de usar isso para obter um sistema de coordenadas aproximado na imagem para alinhá-la a uma área. Se eu fiz isso da maneira errada, existe uma opção melhor?

@mdsumner A imagem foi tirada do google maps. Eu tenho as coordenadas TL e BR do google maps e gostaria de usar isso para obter um sistema de coordenadas aproximado na imagem para alinhá-la a uma área. Se eu fiz isso da maneira errada, existe uma opção melhor?

@BradHards Eu olhei para as coordenadas de canto como você sugeriu, mas não tenho certeza do que devo procurar.

@BradHards Eu olhei para as coordenadas de canto como você sugeriu, mas não tenho certeza do que devo procurar.

Como apontado pelo mdsumner, você misturou as coordenadas projetadas (o primeiro par de números em Coordenadas de canto) e longitude / latitude (o segundo par de números em Coordenadas de canto). Certamente 0d 0 '2,49 "W, 0d 0' 1,26" N não é o canto superior esquerdo que você queria.

Como apontado pelo mdsumner, você misturou as coordenadas projetadas (o primeiro par de números em Coordenadas de canto) e longitude / latitude (o segundo par de números em Coordenadas de canto). Certamente 0d 0 '2,49 "W, 0d 0' 1,26" N não é o canto superior esquerdo que você queria.


Esta questão tem respostas que podem ser boas ou ruins, o sistema marcou como ativo para que possam ser revistas.

Escrevi uma postagem no blog sobre isso há alguns anos.

Obviamente, em um programa real, você gostaria de escrever em um StringBuffer ou algo assim, em vez de stdout. Se você quiser usar o filtro em outros pontos do código do GeoTools, tudo o que você precisa é de um filtro.

Obrigado por este artigo, coisas muito legais. Existe uma implementação possível que você conhece em relação às funções? Eu sei que isso é válido na especificação 2.0

& # 8211 & # 160John Lippson
15 de fevereiro de 18 às 18:08

Basta alterar a configuração para a versão 2.0

Idealmente, o que desejo é que, quando uma tag de função for atingida no XML durante a conversão de XML em CQL, ela substituirá todos os marcadores de posição pelos meus parâmetros de entrada.


1 resposta 1

Atualizar registros no GeoMesa é caro, pois requer exclusões e criações separadas.

Isso pode ser obtido por meio da API GeoTools DataStore com o método DataStore.getFeatureWriter (filtro).

O suporte a Spark do GeoMesa evoluiu da leitura de dados em RDDs para puxar dados para DataFrames.

Depois de criar um RDD ou DataFrame derivado, todo o produto pode ser salvo (e em alguns, desde então, pode ser considerado como uma 'nova' tabela no sentido real). Desde novembro de 2019, a integração do GeoMesa com o Spark não permite atualizações diretamente por meio da API Spark.


O formato de arquivo HDF atual é um formato de contêiner genérico e não usa os atributos de metadados EOS. Isso implica que, embora o software de processamento de imagem / GIS possa usar a biblioteca HDF para ler os conjuntos de dados do arquivo, ele não pode ler as informações geográficas (localização no mapa, tamanho do pixel, projeção, etc.). Em vários casos, o software faz suposições sobre esses valores, mas na maioria das vezes eles estão incorretos, levando, por exemplo, a um conjunto de dados sendo posicionado incorretamente no mapa ou tendo uma área de cobertura espacial incorreta.

Conforme explicado na pergunta FAQ sobre a reformatação do produto, existem utilitários de software para facilitar a conversão do formato:

  • O VGTExtract adicionará as informações geográficas corretas ao realizar a reformatação dos produtos baseados no SPOT-VEGETATION.
  • Ao usar os utilitários GDAL, observe que GDAL espera que as coordenadas representem o canto superior esquerdo do pixel, enquanto o SPOT-VEGETATION usa coordenadas centradas no pixel.
  • Os produtos disponibilizados no formato GeoTiff, como corpos d'água, já incluem as geoinformações.
  • Os metadados XML fornecem essas informações de georreferência em um formato padronizado e podem ser visualizados em um navegador. Certifique-se de usar o arquivo XSLT (.xsl) para uma visualização mais agradável.

Ou entre em contato conosco para descobrir um exemplo concreto.

O programa de amostra abaixo, escrito em linguagem Python, ilustra como calcular o número do bloco (H, V no nome do arquivo do produto) e linha / coluna no bloco para uma latitude e longitude específicas.

Os produtos são entregues em um arquivo ZIP que contém arquivos de dados em formato HDF4 (versão 0), HDF5 (versão 1) ou GeoTiff. As páginas de informações do produto fornecem, por produto, algumas dicas para começar e links para ferramentas de software relevantes.

Caso seu software de processamento de imagem de sensoriamento remoto ou GIS não ofereça suporte ao formato padrão, a reformatação é comumente realizada com estes métodos:

VGTExtract vem com um manual do usuário detalhado que explica a reformatação comum, mas também costurando os ladrilhos de 10x10 graus, extraindo áreas de interesse e assim por diante.

      • gdalinfo --formats, mostra a lista de formatos suportados em sua instalação GDAL
      • gdalinfo yourInputFile.h5, mostrando as diferentes camadas de dados (imagens) disponíveis no arquivo.
      • gdal_translate –of GTIFF yourInputFile.h5: yourBand yourOutputFile.GTiff, é claro adicionando o caminho (c: .) conforme necessário.

      Os utilitários GDAL são baseados em linha de comando e compilá-los a partir do código-fonte pode ser complicado devido às muitas opções e ao número de formatos de arquivo suportados.

      Muitos outros softwares livres, como QGIS, incluem funções de importação (e exportação) baseadas em GDAL. Para obter instalações binárias fáceis, em particular para Windows, é recomendado baixar e instalar esse software de análise gratuito e usar os utilitários GDAL que eles incluem. Alternativamente, em particular se você precisar da versão mais recente do GDAL, o novo pacote OSGEO4W e, em menor extensão, as ferramentas de Frank Warmerdam (FWTools) fornecem instalação fácil no Windows que inclui a biblioteca e utilitários GDAL junto com vários outros geoespaciais de código aberto e gratuitos Programas.

      Os utilitários (gdal_translate, gdalinfo) estão normalmente localizados em uma pasta & quotbin & quot da instalação.

      O portal de acesso a dados fornece uma maneira de sobrepor as perspectivas rápidas no mapa global (clique no ícone Quicklook de um produto na coluna direita após a pesquisa). A escala do quicklook até maio de 2012 foi dimensionada com valores diferentes dos quicklooks gerados a partir de junho de 2012. Como tal, a seleção de uma visualização rápida inicial mostra um padrão escuro (cinza escuro a preto), enquanto uma visualização rápida posterior mostra um belo padrão de escala de cinza. O problema será resolvido ao reprocessar o arquivo para a versão 3.

      (O exemplo usará os dados SWI V2.0 de 6 de fevereiro de 2012). Ele também assume que a biblioteca GDAL está instalada.

      Após a descompactação do arquivo zip do produto, o arquivo & quot g2_BIOPAR_SWI_201202060000_GLOBE_ASCAT_V2.0.0.h5 & quot estará em sua pasta. Para inspecionar o conteúdo, emita o seguinte comando em uma interface de linha de comando de seu sistema operacional.

      Isso produzirá uma saída longa, incluindo todas as informações contidas no arquivo HDF5. A parte que nos interessa são os Subdatasets. Esta parte da saída tem a seguinte aparência:

      SUBDATASET_1_DESC = [1800x3600] // FREEZE_THAW / SSF (caractere sem sinal de 8 bits)

      SUBDATASET_2_DESC = [1800x3600] // QFLAG / QFLAG_001 (caractere sem sinal de 8 bits)

      Ele lista todos os subconjuntos de dados no arquivo HDF5. Precisamos do nome do subdataset no qual estamos interessados ​​para exportar aqueles que são de nosso interesse.

      O comando gdal_translate

      pode ser usado para converter os dados. O comando

      gdal_translate -a_srs & quotEPSG: 32662 & quot -a_ullr -20037508.3428 10018754.1714 20037508.3428 -10018754.1714 'HDF5: & quotg2_BIOPAR_SWI_201202060000_GLOBE_ASCAT_V2.0.0_0000_GLOBE_ASCAT_V2.0_0.hiff5'

      irá converter a camada no arquivo HDF que representa SWI com valor T de 20 (SWI_020) no GeoTIFF SWI_020.tiff na mesma pasta. O comando também usou –a_srs para definir a projeção correta para o GeoTIFF e –a_ullr para fornecer as coordenadas das arestas projetadas da imagem.


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      Desejo construir uma funcionalidade para carregar o arquivo de forma ESRI e sobrepô-lo no mapa usando OpenLayers 3. Depois que o usuário fizer a verificação cruzada, quero salvar na tabela PostgreSQL / PostGIS.

      Até onde pesquisei no Google, não estou obtendo nenhum recurso. Existe alguma maneira de fazer no OpenLayers 3?

      Por cliente, você quer dizer 'usuário' ou navegador da web?

      Eu diria que seus resultados nulos através da pesquisa estão corretos, você não será capaz de fazer upload de um arquivo de forma diretamente no OpenLayers de qualquer versão, já que é um formato binário não destinado para visualização na web. Você pode, entretanto, considerar uma solução baseada no uso de um serviço WFS-T

      do navegador, o usuário carregará o arquivo de forma como gipong.github.io/shp2geojson.js

      Dê uma olhada na biblioteca shp2geojson.js: github.com/gipong/shp2geojson.js

      Seus comentários realmente não correspondem à sua pergunta, edite a pergunta para adicionar mais detalhes do que você está tentando fazer, o que você encontrou, o que você tentou

      Desejo construir uma funcionalidade para carregar o arquivo de forma ESRI e sobrepô-lo no mapa usando OpenLayers 3. Depois que o usuário fizer a verificação cruzada, quero salvar na tabela PostgreSQL / PostGIS.

      Até onde pesquisei no Google, não estou obtendo nenhum recurso. Existe alguma maneira de fazer no OpenLayers 3?

      Por cliente, você quer dizer 'usuário' ou navegador da web?

      Eu diria que seus resultados nulos através da pesquisa estão corretos, você não será capaz de fazer upload de um arquivo de forma diretamente no OpenLayers de nenhuma versão, já que é um formato binário não destinado para visualização na web. Você pode, entretanto, considerar uma solução baseada no uso de um serviço WFS-T

      do navegador, o usuário fará o upload do arquivo de forma como gipong.github.io/shp2geojson.js

      Dê uma olhada na biblioteca shp2geojson.js: github.com/gipong/shp2geojson.js

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      Até onde pesquisei no Google, não estou obtendo nenhum recurso. Existe alguma maneira de fazer no OpenLayers 3?

      Desejo construir uma funcionalidade para carregar o arquivo de forma ESRI e sobrepô-lo no mapa usando OpenLayers 3. Depois que o usuário fizer a verificação cruzada, quero salvar na tabela PostgreSQL / PostGIS.

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      do navegador, o usuário fará o upload do arquivo de forma como gipong.github.io/shp2geojson.js

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      Por cliente, você quer dizer 'usuário' ou navegador da web?

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      Bateu na página inicial por Comunidade & # 9830 3 minutos atrás

      Esta questão tem respostas que podem ser boas ou ruins, o sistema marcou como ativo para que possam ser revistas.

      Acabei de encontrar um método rápido para fazer isso usando 'EnvFunction'. Primeiro, defino um valor exclusivo 'EnvFunction.setGlobalValue (unique_str, variable_value)'. Então, eu criaria uma função como 'Função fn = ff.function ("env", ff.property (unique_str), ff.literal (0))'. Este fn pode ser facilmente usado em 'rule.setfilter ()'. Tenho certeza de que existem maneiras muito melhores e limpas de conseguir isso. A desvantagem aqui é que tenho que definir um valor global para cada linha.

      Eu tenho um aplicativo Java Swing que carrega um shapefile de linha e desenha um mapa. Estou usando um filtro e uma regra para filtrar as linhas no arquivo de forma onde o atributo "tráfego" é maior que 500. Cada linha tem um valor de "tráfego" diferente e funciona perfeitamente ("tráfego" significa o tráfego máximo permitido volume da estrada). Posso fazer um estilo separado para essas linhas filtradas.

      Agora eu quero fazer a seguinte lógica

      O "current_traffic_value" é um valor inteiro armazenado em um banco de dados para cada linha. Portanto, quero verificar cada linha em relação a um valor de variável. Posso conseguir isso usando métodos SLD? Qual seria o método ideal para conseguir isso?

      Eu tenho um aplicativo Java Swing que carrega um shapefile de linha e desenha um mapa. Estou usando um filtro e uma regra para filtrar as linhas no arquivo de forma onde o atributo "tráfego" é maior que 500. Cada linha tem um valor de "tráfego" diferente e funciona perfeitamente ("tráfego" significa o tráfego máximo permitido volume da estrada). Posso fazer um estilo separado para essas linhas filtradas.

      Agora eu quero fazer a seguinte lógica

      O "current_traffic_value" é um valor inteiro armazenado em um banco de dados para cada linha. Portanto, quero verificar cada linha em relação a um valor de variável. Posso conseguir isso usando métodos SLD? Qual seria o método ideal para conseguir isso?


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      O próximo CEO da Stack OverflowMultiple reclassification usando RasterCalc em QGISReclassifying raster analysis (como a do ArcGIS Spatial Analyst) em QGISNenhum valor de célula em arquivo raster Como reclassificar um float raster? Como reclassificar um raster com reclassificar valores de grade no QGIS? Como classificar / style raster corretamente? Exportar valores de classe raster classificados de DEM Classificando declive (plano, declive, íngreme, muito íngreme) em QGIS? Como substituir os valores Nan ou nodata em 0? Recuperar elevação da cor em Raster DEMCreating um filtro raster Reclassificação múltipla usando RasterCalc no QGISHow reclassificar um raster flutuante? Como suavizar polígonos depois de converter DEM usando Raster para polígono? Como alterar o valor de pixel de um conjunto de dados raster que se sobrepõe a um polígono apresentado em shapefile no ArcGISReclassificando a análise raster (como aquele no ArcGIS Spatial Analyst) em QGISReclassificar raster com base em valores Z no Arcmap 10.4.1 Reclassificação de raster em QGIS ou outro software de código aberto com automação quebras calculadasRetenção de valores inteiros no raster ao reclassificar valores no QGIS? Reclassificação parcial do raster no QGIS


      Usando gdal-java de OSGeo4W - Sistemas de Informação Geográfica

      Exibindo estatísticas espaciais R em mapas dinâmicos do Google com aplicativos da web criados por Rwui

      11 1 41 http://www.ij-healthgeographics.com/content/11/1/41

      2012 Newton et al. licenciado BioMed Central Ltd. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), que permite o uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o trabalho original seja devidamente citado.

      O projeto R inclui uma grande variedade de pacotes projetados para estatísticas espaciais. Os mapas dinâmicos do Google fornecem acesso baseado na web a mapas globais e imagens de satélite. Descrevemos um método para exibir diretamente a saída espacial de um script R em um mapa dinâmico do Google.

      Isso é obtido criando um aplicativo da web baseado em Java que executa o script R e, em seguida, exibe os resultados no mapa dinâmico. De forma a tornar este método fácil de implementar por aqueles que não estão familiarizados com a programação de aplicações web baseadas em Java, adicionámos o método às opções disponíveis na aplicação R Web User Interface (Rwui). Rwui é um aplicativo da web estabelecido para a criação de aplicativos da web para executar scripts R. Uma característica do Rwui é que todo o código para a aplicação web que está sendo criada é gerado automaticamente para que alguém sem nenhum conhecimento de programação web possa fazer uma aplicação web totalmente funcional para rodar um script R em questão de minutos.

      Rwui agora pode ser usado para criar aplicativos da web que exibirão os resultados de um script R em um mapa dinâmico do Google. Os resultados podem ser exibidos como marcadores discretos e / ou sobreposições contínuas. Além disso, os usuários do aplicativo da web podem selecionar regiões de interesse no mapa dinâmico com cliques do mouse e as coordenadas da região de interesse serão automaticamente disponibilizadas para uso pelo script R.

      Este método de exibir a saída R em mapas dinâmicos foi projetado para ser usado em várias áreas. Em primeiro lugar, permite que os estatísticos, trabalhando em R e desenvolvendo métodos em estatística espacial, visualizem facilmente os resultados da aplicação de seus métodos a dados do mundo real. Em segundo lugar, permite que os pesquisadores que estão usando R para estudar dados geográficos de saúde exibam seus resultados diretamente em mapas dinâmicos. Em terceiro lugar, ao criar um aplicativo da web para executar um script R, um estatístico pode permitir que usuários totalmente não familiarizados com R executem análises estatísticas codificadas em R de dados geográficos de saúde. Em quarto lugar, prevemos um papel educacional para tais aplicações.

      A análise estatística espacial com exibição gráfica de dados em mapas geográficos desempenha um papel fundamental na geografia da saúde. Muito do trabalho pioneiro realizado no campo da metodologia estatística espacial é disponibilizado em pacotes do Projeto R 1 2. Os mapas dinâmicos do Google são uma fonte versátil de mapas globais e imagens de satélite, facilmente acessíveis através da internet 3. Descrevemos um método fácil de implementar para unir essas duas tecnologias disponíveis gratuitamente.

      Conseguimos isso criando um aplicativo da web baseado em Java que executa o script R e, em seguida, exibe os resultados no mapa dinâmico do Google. Fornecemos detalhes técnicos sobre como isso é feito exatamente no arquivo Adicional 1. No entanto, reconhecemos que criar um aplicativo da web baseado em Java para executar um script R seria demorado para qualquer pessoa não versada em programação da web, e isso limitaria o uso do método. Therefore in order to make the method easy for anyone to implement, even if they are entirely unfamiliar with creating Java based web applications, we have added the method to Rwui. Rwui is an established web application for creating web applications for running R scripts. A feature of Rwui is that all the code for the web application being created is generated automatically so that someone with no knowledge of web programming can make a fully functional web application for running an R script in a matter of minutes. Figure 1 shows a schematic flow diagram of the procedure.

      Technical details - how to run an R script in a Java based web application.

      Schematic flow diagram of procedure

      Schematic flow diagram of procedure. Showing how to create a web application using Rwui.

      Rwui allows a statistician, for example, to design a web application suitable for their R script on a sequence of web pages. By selecting options on Rwui’s web pages, a web application can be generated with no additional programming. Once Rwui has generated the web application, the person creating the web application downloads it from the final web page of Rwui. Once downloaded, the web application then needs to be installed on a suitable server in order to be used. Installing a web application created by Rwui is simply a matter of copying one file to the server. Full instructions are given in Rwui’s help file 29 .

      A typical web application created by Rwui presents users with a web page in their browser window in which they can upload data and/or select options such as parameter values. The web application runs the R script automatically, making the data and parameter values entered by the user available to the R script. On completion of the R script the results are returned to the user’s web page. Results can be displayed in a number of formats, selected when the web application is being designed, including the option of displaying results superimposed on a Google dynamic map. Results may be displayed on the map as discrete markers and/or as a continuous overlay. In addition, users of the web application may select regions of interest on the dynamic map with mouse clicks and the coordinates of the region of interest will automatically be made available for use by the R script at the next press of the ‘Analyse’ button.

      Because the R script is run by a web application the analysis can, of course, be accessed remotely over the web, and by multiple users at any one time. It is however also possible to install the web application on a single stand-alone machine.

      Integrating R scripts with Google dynamic maps in this direct manner has a number of potential uses. Firstly it allows statisticians, working in R and developing methods in spatial statistics, to easily visualise the results of applying their methods to real world data. Secondly, it allows researchers who are using R to study health geographics data for outbreak management, public health planning, and other geographic-data intensive tasks to display their results directly onto dynamic maps. Thirdly, by creating a web application for running an R script, a statistician for example, can enable users who are entirely unfamiliar with R to run the statistician’s R coded analysis of health geographics data. Users of web applications created by Rwui have no contact with the actual R script, which runs out of sight on the server all that users see is the web pages of the application in their browser window. Fourthly, we envisage an educational role for such applications. By leveraging the interactive features of Google dynamic maps, various aspects of spatial statistical analyses can be explored in a visual, intuitive way.

      Different approaches to the custom statistical analysis of health data, and integration with GIS visualization

      Different approaches to the custom statistical analysis of health data, and integration with GIS visualization. The standard approach, which involves using a statistical package in conjunction with a GIS system, is laborious and labour intensive and requires 6 steps shown here, which may preclude its usage in a time-sensitive, critical scenario such as an outbreak. The Rwui approach only requires 3 steps for repeated statistical analysis. The resulting webapp is platform independent and can be used on various devices (smartphones, PDAs, etc). And it is built around a custom R script, rather than being based around a limited number of built-in statistical analyses (as in EpiInfo and other related platforms).

      There are a large number of technologies whose capabilities overlap those described here. None however provide the same combination of four key capabilities, 1. web accessible R statistical analysis combined with 2. the results overlain on dynamic map and satellite imagery and 3. the capacity for statisticians to create such web applications automatically without having to learn complex new programming skills and 4. the ability of users, who are unfamiliar with R programming, such as physicians and medical support staff, to execute data analyses in a user-friendly and efficient manner. A comprehensive review of all the overlapping technologies is not possible here, but some key ones will be summarized (see also feature matrix in Table 1 ). QuantumGIS 32 is a geographic information system (GIS) enabling the display and analysis of data but without the in depth spatial statistical analysis provided by R or the capabilities of web access. Mapserver 33 allows data to be presented on web accessible maps but again lacks the spatial statistical analysis provided by R. SOLVAT 34 provides a method for analyzing data using OLAP (online analytical processing) but is a Windows based executable, and uses its own built-in mapping system that cannot be shared. The EpiInfo 35 , a program developed for Windows, allows mapping using a built-in mapping system, and some statistical functions, but not a full statistical language, or web-based maps. With ArcGIS 36 customised GIS web applications can be created but again without R, and ArcGIS is not open source or free.

      Comparing the features provided by Rwui with those of other systems

      Visualization method 4

      User interface 5

      Automated visualization 6

      Spatial Statistics 7

      Compatible with R 8

      1 Type of software system.

      2 Is the software free or commercial.

      3 Is the system’s source code available for use.

      4 The type of visualization system used.

      5 Is a graphical user interface available.

      6 Are maps automatically produced, or is further programming required?

      7 Can advanced spatial statistics be incorporate and customized?

      8 Is the software system able to incorporate R code?

      9 Can a custom, easy to use GUI driven stand-alone application be created?

      In the following sections we first explain the method and then present two example applications where results from an R analysis are displayed on a Google dynamic map.

      Running an R script from a web application

      By using Rwui, a web application for running an R script can be created without having to know any technical details and without having to do any web programming, but in this section we give a brief summary of the underlying methods.

      In order to run an R script from a web application we use a Java based approach. The web application has three main components the View (the way in which information is presented to the user), the Controller (controlling the flow of the application) and the Model (the data processing). The Model part of the application, a Java program, passes the information entered by the user on the application’s web page to the R script and then runs the script. The application waits for the R script to finish and then returns the results to the web page.

      The R script is run using R batch mode. The batch command is placed in a shell script, which is run as a Process using the Java application’s instance of the Runtime class. Before the R script is run, the values of the variables that the user entered on the web pages are passed to the R script. The application writes this information, as R assignments, into a text file which is concatenated with the main R script prior to execution. The application waits for the script to finish and then displays the results on the web page. Google dynamic maps are generated by Javascript, so in order to display results on a Google dynamic map the results, written by the R script, need to be in the form of an appropriate Javascript file.

      In Additional file 1 we elaborate on the technical details as to how an R script can be run by a Java based web application. But by using Rwui, such a web application can be created without having to know any of these technical details. In the following section we describe how to use Rwui. We then describe how to install an application once it has been created by Rwui. Then we explain the R script requirements for displaying results on a Google dynamic map, namely the Javascript file that the R script needs to produce. In the final Methods section we describe the use of a typical application created by Rwui that displays results on a Google dynamic map.

      Creating a web application for running an R script using Rwui

      Rwui is a web application, accessible in a web browser at the following address: http://sysbio.mrc-bsu.cam.ac.uk/Rwui . Anyone with an R script can use Rwui to design and create a web application for running their R script. Rwui comprises a sequence of twenty web pages on which the user designs their web application, tailoring it to the requirements of their R script. The user can backtrack, edit and insert features. A facsimile of the web application they are creating is displayed in the lower part of the current Rwui web page as the user’s design of their web application progresses.

      After entering a title and introductory text for the application, the user of Rwui has to select the input items that will appear on their application’s web page. Input items may be Numeric entry boxes, Text entry boxes, Text Area boxes, Radio Buttons, Checkboxes, Drop-down lists, Multi-select lists, File Upload boxes, Replicate File Upload entry, Zip File Upload boxes. Each of the input variables of the R script, that is, those variables in the script that require a value supplied by the user, must have a corresponding input item on the application’s web page. In a completed web application the association of an input item on the web page with an input variable in the R script works in the following manner. If, for example, the R script variable my_num is associated with a Numeric entry box, then the completed application will automatically add a line to the beginning of the R script that assigns to the R variable my_num whatever value the user of the completed application enters in the Numeric entry box on the web page. For example, if the user of the completed application enters 1.234 in the Numeric entry box then the line my_num <- 1.234 will be written automatically at the beginning of the R script before the script is run. Figure 3 shows a web page from Rwui. On this page the input items that will appear in the application are added the facsimile of the web application that is being created can be seen on the lower half of the page.

      One web page of Rwui, on which input items are added

      One web page of Rwui, on which input items are added. One of the twenty web pages that comprise Rwui. A facsimile of the dynamic map example application being created can be seen on the lower half of the page.

      The names of the results files to be displayed for the user of the completed web application also need to be entered whilst the application is being designed in Rwui. Specifying that the results are to be displayed on a Google dynamic map is simply a matter of checking a box and giving the name of the javascript file that the R script will write containing the code for creating the map. This javascript file is explained in the section ‘R script requirements to display results on a Google dynamic map’. There is also the option of displaying the results on a clickable Google dynamic map. If this option is chosen, in the completed web application mouse clicks can be used to mark out a region of interest (ROI) on the dynamic map. ROI’s may be circles, squares, rectangles or irregular polygons and the coordinates of the ROI are automatically made available to the R script. Further information on ROI’s can be found in the ‘Example applications’ section.

      Subsequent pages of Rwui allow the user to specify the layout of results and add a number of optional features if required. For example the application can optionally include a login page with access controlled either by a single password, or by username/password pairs. Then once the user of Rwui has finished designing their web application Rwui generates all the code for the web application automatically. The completed web application can be downloaded from the final web page of Rwui.


      WEB BASED DISASTER INFORMATION SHARING PLATFORM, GeoWeb USING OPEN SOURCE SOFTWARE AND FREEWARE FOR RURAL AREAS

      1 WEB BASED DISASTER INFORMATION SHARING PLATFORM, Geo USING OPEN SOURCE SOFTWARE AND FREEWARE FOR RURAL AREAS Yasuharu YAMADA a a Research Team for Disaster Reduction, National Institute for Rural Engineering, National Agriculture and Food Research Organization, 2-1-6, Kannondai, Tsukuba, Ibaraki Japan- Commission VIII, WG VIII/1 KEY WORDS: Geoweb, open source, disaster information sharing, WMS,, ISO/TC211 standard ABSTRACT: In Japan, Ministry of agriculture, forestry and fisheries is responsible for disaster reduction in rural areas and irrigation facilities, such as head works, irrigation canals, pump stations, landslides, farm ponds, etc. The sensor data collecting system for the detection of abnormal conditions of the irrigation facilities or landslide is now being replaced with new equipment. An event of disaster depends upon meteorological factors, various conditions of facilities, the flow of river, etc. Many different kinds of organizations, such as meteorological observatories, the river bureau, a land improvement district, etc., have observed data. If the residents in rural areas or the staffs of land improvement bureau want to know the risk of disaster, they must collect many kinds of data from many organizations. But such kind of data is related to the location. Therefore in case that each organization opens the observed data to the public using WMS, WFS, WCS or under the ISO TC211 standards, the data users can easily obtain such kind data associated with location information through the. This kind of www server is called Geo. The author conducts an experiment on making it and trying to find problems. 1. INTRODUCTION Architecture of the data retrieval system 1.1 Introduction The author and his colleagues have experiences to make a sort of data retrieval and map painting system on the client browser from agricultural database using based GIS tool, AutoDesk Guide. (1998 and 2000 See Figure1.) And the author often pointed out the possibility of Geo, a kind of based information sharing system. Recently, Open source and free software for making Geo is quickly growing. Therefore the author tried to make a Geo using open source software for information sharing in case of disaster. client generator (Guide server) ODBC, OLE DB, native API server Database A Database B Database C CGI gateway (ColdFusion) database (SDF data file) Developed in 1998 Figure Architecture of the data retrieval system developed in

      2 1.2 What is Geo? When natural disaster, such as heavy thunderstorm, flood, landslide, earthquake, occurs, the people, who lives in the stricken area or must make decision for the quick response, are sure that they want to know the overall circumstances of the disaster as soon as possible. Many kinds of organizations, such as a meteorological observatory, the river bureau, a land improvement district, etc. have the observed data, such as radar thunderstorm, precipitation, water level of a stream-flow, etc. The information user should check the thunderstorm cloud location and river water level reported by the world wide web of a meteorological station and a river management authority for example. But the users should know the URL beforehand or use a search engine and specify the URL on their browser for every world wide web server site. (See Figure 2.) server URL data data HTML irrigation channel office. Then it is very important to improve the information gathering methods among those concerned. The concept of Geo is a possible solution to this question. (See Figure 3.) Ron Lake et al. (2004) explain the definition of Geo as follows: The Geo- is a distributed network of interconnected geographic information sources and processing services that are globally accessible, that is, they live on the and are accessed through standard OGC and W3C interfaces, globally integrated data sources that make use of the data representation, and where appropriate, explicitly refer to one another. International Organization for Standardization (ISO) established several TC211 standards for Geographic information or Geomatics field. For example, ISO19136 is for the Geography Markup Language (), ISO19128:2005 is for the web map server interface. Also the Open Geospatial Consortium(OGC) fixed the Open GIS Service Interface Standard version There is one matter of concern about Geo. When disaster occurred, people may rush into the same server. In order to avoid going down of the server system, access control process will be needed. Mr. Jan Herrmann pointed out this problem and he proposed some solutions. That is GeoXACML OGC candidate specification. (See Nayak,S., et al. Eds., 2008.) Figure 2.An ordinary word wide web But the residents or the staffs of land improvement districts will desire to know the situation of disaster quickly and precisely when thunderstorm gives a localized downpour. Because such land improvement district controls drain water gates to the river of the drainage canal or open type irrigation channel. Therefore the way of information collection from the conventional world wide web is circuitous. As recently the number of such organization s staff members is decreasing, telephone communication between the people concerned is not the enough method. If the staff went to check the bar screen along the irrigation channel route for removing litters, there is no one in front of the electric flow control panel of the Server1 Server2 s or satellite images from each WMS server should be placed the exact location on the client s web browser. Figure 3. What is Geo? Server3 244

      3 International Archives of the Photogrammetry, Remote Sensing and Spatial Information Science, Volume XXXVIII, Part 8, Kyoto Japan 2010 satellite data are the Orkney s digital Japanese maps and 2. SYSTEM DESIGN FOR GEOWEB ALOS/AVNIR-II geotiff image. (Figure 5.. and 6.) The author made two type of Geo for a prototype. The first is based on the Microsoft Windows operating system. The second is based on the Linux OS. Both systems were made by the combination of some open source and free software. For Microsoft WindowsXP OS, the OSGeo4W.exe package is useful and almost all-in-one set, including Apache, PHP, Server, GDAL/OGR, python, QGIS, udig, tcltck, zlib, etc. The OpenLayers is for dynamic displaying of the add-on Server software using JavaScript. Addition to such software, the OSGeo s WinGRASS package is including the windows based GRASS, the stand-alone GIS. The PostgreSQL plus PostGIS is for the GIS data storing and data searching tool. For Linux OS, to make the Geo will be more difficult Figure 5. a sample browsing view of the implemented Geo than Windows based one. The system design for the Linux based Geo server consists of CentOS, Apache, Server, GDAL, OpenLayers, PostgreSQL, PostGIS. And it 4. APPLICATION TO THE PRACTICAL USE for Desktop is GRASS, QuantumGIS, udig. (See Figure 6.) The author plans to apply the trial implemented Geo Also the client side environment is similar to this. (See server into the practical use this year. The candidate region is Figure.4) Tochigi prefecture, the suburbs of Tokyo metropolitan area. WMS, WFS, WCS server Tochigi region is famous for having a lot of thunderstorms in postgresql,+ summer. Thundercloud is quickly moving and very local place postgis has heavy rain in a short time. Surface runoff will increase GIS data store and search engine suddenly and some of the runoff pours into open channels for QGIS, GRASS ogr2ogr, ogrinfo, shp2pgsql irrigation. There is spillway on the canals: but if the rainfall is GDAL, OGR beyond the expectation, the staffs of the land improvement gaia projection or format transform, Visualization of GIS district should open the gate of the waste-way out to the river. Sometimes, the trash-rack screen of the open channel for metadata reading getting rid of suspended matters gets plugged during such data in multiplatform Figure 4. client environment under the open source approach thunderstorm. The staff must remove those litters from the (This figure is modified and added the Dr. Imaki, H. s original screen at the height of storm. If the small number of staffs can one.) operate the irrigation system, they may want to know about the situation of thunderstorm and the condition of irrigation canals quickly and easily. Tokyo Electric Power Company is releasing 3. GEOWEB IMPLEMENTATION the information of rainfall and thunder observation data The author practically made a prototype Geo server through the world wide web. ( using the CentOS Linux based one. The sample map data and Japan Meteorological Agency puts the radar nowcast figure 245

      4 into the public through the. ( Ministry of Land, Infrastructure, Transport and Tourism throws the real time information of river state, such as rainfall, river water level, etc. open to the public using the world wide web. ( But as this kind of information is on the deferent web server, they have to access each web site. Now those organizations don t put the meteorological information into the public using the Geo. The author plans to measure the rainfall by using logger recording rain gauges and the collected rain data are put into the other implemented Geo server database. The user can experience such kind of Geos simulatively. popular in Japan. Those meteorological related organizations don t have the plan to make the Geo server now. The satellite data distributors, such as JAXA or RESTEC in Japan may not have any plan to throw the observed satellite data open to the public using the Geo. The dissemination of the Geo technology is important in this stage. As for the ISO standard for Service, web server is said sometimes under exposing to the heavy load from many users requests. Hence in order to put the Geo to practical use, it will need an access control test and loading test of the server. (Nayak, et al.:2008) REFERENCES GDAL/OGR OpenLayers 2.8 Server PostgreSQL GRASS Brent Hall,G., Leahy,M., 2008 Open Source Approaches in Spatial Data Handling. Springer, Berlin, pp Apache httpd PostGIS QGIS CentOS5.4 Figure 6. the composition of the ISO standard implemented Geo using open-source software 5. CONCLUSIONS AND DISCUSSION 5.1 What is the difference from Google Earth? The ISO standard implemented Geo is apparently similar to the Google Earth picture. But Google technology is using another OGC criteria. They adopt KML language not they use the WMTS ( Tiling Service), not WMS ( Service). The KML and WMTS may be easier than ISO s standard for web application programmers. But the base map is provided by only the Google company. Is it suitable for disaster information sharing platform or not? A question will remain doubtful. 5.2 How to extend the Geo? Imaki, H Tokyo workshop textbook of Introduction to the Opensource GIS, For the spatial analysis begginers using PostGIS and QGIS (In Japanese). NPO The Geoecological Conservation Network, Tokyo, pp.1-45 ( ectures) Jansen,M., Adams,T., OpenLayers entwicklung mit dynamischen Karten und Geodaten. Open Source Press, Muenchen, pp Kropla,B., Beginning Server Open Source GIS Development, APRESS and Springer, New York, pp1-368 Lake,R., Burggraf, D., et al., Geography Mark-up Language() Foundation for the Geo-. John Willey & Sons Ltd., England, pp.7, Li,J., Zlatanova,S. and Fabbri,A.(Eds.), Geomatics Solutions for Disaster Management, Springer, Berlin, pp.49-60, , The procedure of implementation of Geo is not Mitchell,T.(Author), Ohtsuka,K.,etc.(Translators),

      5 ping Illustrated (translated into Japanese), O Reilly Japan,Tokyo, pp National Research Council,2007. Successful response starts with a map Improving geospatial support for disaster management. The National Academies Press,Washington,D.C., pp Nayak,S. and Zlatanova,S., Remote sensing and GIS Technologies for Monitoring and Prediction of Disasters. Springer, Berlin, pp Yamada, Y., Utashiro, K., Kover, M., Painting maps and Making column charts, line graphs of International Agricultural Statistics Database on the client browser using based GIS tool (in Japanese). Proceedings of Annual meeting of GISA, Tokyo, pp Yamada,Y., Kover,M., Utashiro,K., Data retrieval and mapping system with Global s for the international statistics on agriculture using based GIS tool. Proceedings of Global ping Forum 2000, Hiroshima, Japan, pp.1-9 Neteler,M., Mitasova,H.(Eds.), Open Source GIS A GRASS GIS Applroach Third Edition. Springer, New York, pp1-366 Wernecke, J., The KML Handbook Geographic Visualization for the. Addison-Wesley,Kendallville, pp Obe, R., PostGIS. Manning Publications, chapter11 pp.1-35 Zlatanova,S., Li,J., Geospatial Information Technology for Emergency Response. Taylor & Francis, London, pp Peter van Oosterom and Sisi Zlatanova, Creating Spatial Information Infrastructures Towards the Spatial Semantic. CRC Press, Boca Raton, pp Pliz,J.(Ed.), Interfacing Geostatistics and GIS. Sringer, Berlin, pp Scharl,A. and Tochtermann,K.(Eds.), The Geospatial, Springer, London, pp.174, 185, 254 Yamada,Y.a, Morphological Analysis of Flood Inundated Regions In Paddy Areas Using ALOS/PALSAR Data and its Distribution on the Google Earth Design of the Future Disaster Management System(FDMS)--. The International Archives of the Photogrammetry, Remote Sensing and Spatial Information Sciences. Vol.XXXVII. PartB4.Beijing, pp ACKNOWLEDGEMENTS This research results are acquired by using the budget of MEXT research promoting program for space technology application. The ALOS/AVNIR-II and PALSAR satellite data are provided from the JAXA ALOS satellite research collaboration program with NARO as a primary investigator. The copyright of ALOS/PALSAR data belongs to METI and JAXA. Atori Co.,Ltd. is grown as a new Geo industry in the Tsukuba area, Ibaraki prefecture, Japan through the successful bidder for this research subject of making a trial Geo server. Yamada,Y.b, Enhancement of the rural and irrigation system infrastructure to disasters with a help of IT. Proceedings CD-ROM of 32 nd ISRSE, Costa Rica, pp

      Application of Google Earth for flood disaster monitoring in 3D-GIS

      Disaster Management and Human Health Risk II 271 Application of Google Earth for flood disaster monitoring in 3D-GIS M. Mori & Y. L. Chan Department of Information and Computer Science, Kinki University,


      Assista o vídeo: installation OSGEO gdal qgis python, scikit learn et jupyter